El plan de estudios de Maestría en Filosofía de la Ciencia tiene por objetivo brindar una sólida formación filosófica y metodológica en los seis campos de conocimiento que comprende, para que alumnos de diferentes disciplinas (tanto de filosofía misma, como de ciencias naturales, formales o ciencias sociales) puedan estudiar y reflexionar críticamente desde perspectivas inter y multidisciplinarias sobre diversos aspectos y dimensiones de la ciencia y la tecnología: lógicos, epistemológicos, metodológicos, cognitivos, históricos, culturales, sociológicos y axiológicos. De este modo, la maestría en Filosofía de la Ciencia, tanto por la formación que ofrece, como por las diversas procedencias de los estudiantes a los que está dirigida, promueve, de manera rigurosa y sistemática, la concurrencia e interacción de diversas disciplinas en la reflexión filosófica.
La Maestría en Filosofía de la Ciencia es presencial, se cursa en cuatro semestres y tiene un valor total en créditos de 72; de los cuales 16 son obligatorios, distribuidos en dos actividades académicas; 40 créditos son obligatorios de elección, distribuidos en cinco actividades académicas, y 16 créditos optativos, distribuidos en dos actividades académicas. Todas estas actividades se realizan en los primeros tres semestres. En el cuarto semestre, el estudiante cursa un segundo seminario de investigación, con carácter obligatorio de elección, pero sin valor en créditos.
El plan de estudios del Doctorado en Filosofía de la Ciencia tiene por objetivo la formación de académicos del más alto nivel, capaces de desarrollar investigaciones originales en filosofía de la ciencia y de la tecnología, especializados en alguno de los seis campos de conocimiento del PFC.
Los egresados del doctorado serán capaces de ejercer la docencia especializada en licenciatura y en posgrado, realizar investigación original de manera autónoma en los campos mencionados, así como participar en labores creativas y críticas en instituciones y organismos encargados de diseñar, coordinar o evaluar políticas para el desarrollo científico y tecnológico, o en instituciones encargadas de comunicar y divulgar la ciencia y la tecnología, o en general, en los espacios públicos en los que el conocimiento teórico y reflexivo sobre las ciencias y la tecnología sea necesario. El doctorado apunta hacia una relación sistemática entre la filosofía y las distintas disciplinas científicas, sean exactas, naturales o sociales, así como con las disciplinas tecnológicas, promoviendo nuevas formas de vinculación entre las humanidades, las ciencias y la tecnología. Por esta razón, el doctorado en Filosofía de la Ciencia fomenta el trabajo interdisciplinario en la docencia y la investigación.
Además de proponerse formar investigadores y profesores especializados en los campos de conocimiento del doctorado, su carácter interdisciplinario también permite consolidar la formación filosófica y metodológica necesaria para que especialistas en diferentes disciplinas científicas (física, biología, matemáticas, computación, sociología, antropología, ciencia política, psicología, entre otras), o de diferentes disciplinas tecnológicas, puedan innovar líneas de investigación y docencia en su campo de especialidad.
El Doctorado en Filosofía de la Ciencia se lleva a cabo en ocho semestres, en los cuales el estudiante realizará un proyecto de investigación original relacionado con uno de los seis campos de conocimiento propios del Programa, y que culminará con la tesis doctoral. El Comité Académico podrá autorizar que un alumno se gradúe al concluir el sexto semestre, si el comité tutor ha aprobado la versión definitiva de la tesis. En casos excepcionales y justificados, el Comité Académico autorizará prórrogas hasta por dos semestres adicionales a los ocho ordinarios, con el fin de que los alumnos concluyan su tesis y se gradúen.