El Programa de Posgrado en Filosofía de la Ciencia se fundó en 1994 por iniciativa de un grupo de investigadoras e investigadores pioneros en este campo de estudios en México. Fue uno de los primeros programas de posgrado de la UNAM que puso en práctica el sistema tutoral y ha evolucionado a la par de los cambios más trascendentes que ha experimentado el sistema de posgrado de la UNAM.